叙述一名被关进精神疗养院的失忆年轻医学生广介，在受不了脑海不时浮现的片段记忆画面与遭受暗杀後，逃出疗养院寻找自己的身世。在前往日本北陆的火车上，他由报纸瞥见菰田源三郎与他长得一模一样的男人逝世的新闻，便来到望族菰田家所居住的城镇，在源三郎下葬後挖出棺木、穿上寿衣，伪装成死後复生的年轻家主混入菰田家，追查身世之谜。就在广介战战兢兢扮演源三郎的同时，菰田家发生许多怪事，连源三郎的妻子也突然病故。广介确认出现在记忆中的海岸景色是源三郎那身体畸形的父亲菰田丈五郎所隐居的孤岛後，便以要见父亲为由带领管家一行人来到那座小岛。随著岛上令人惊异的诡怪居民的出现，那关於通奸、乱论、谋财害命与更深沉黑暗的真相也被揭露。《恐怖畸形人间》的重点在奇形人间（畸形人）。片中出现的各种畸形人中，最恐怖的就是由土方巽所饰演的菰田丈五郎。土方是日本知名现代舞大师，更是「暗黑舞踏」的创始与确立者。他以模仿螃蟹移动的方式在礁岩上由远而来，依循某种节奏扭曲著肢体前进，搭上一身银白色有著污渍的袍子与杂乱沾上草的长长黑发那眼睛、那神色、那感觉，让人发毛，并且瞭解到贞子的动作肯定有拿此作为参考。此外，这部电影的结尾画面更是让人瞠目结舌、笑出声来。广介得知所爱的人其实是自己的妹妹後，留下遗书带著她离去：「我们要这一切有最美的结局，如同黄昏时分瞬间绽放的烟花。我们会在烟火发射时拥抱彼此，然後散布於美丽的天空。」烟火应该是譬喻，如果是一部正常电影的话；非常幸运地，《恐怖畸形人间》跟正常一点都搆不上边广介与妹妹真的随著烟火升空爆炸了，他们的头飞舞在空中脚也是，两只孤拎拎的手还握在一起呢！最画龙点睛的是那被炸飞的两颗头汤气回肠地呼喊著